再生障礙性貧血分先天性和獲得性兩大類， 以獲得性占絕大多數。 先天性再障罕見， 其主要類型為Fanconi貧血。 獲得性再障又分原發和繼發性再障， 前者系原因不明者， 約占獲得性再障的50％以上。 再障的常見病因如下：
1.藥物 許多藥物可能與再障有關， 藥物性再障包括兩種類型：①與劑量關係不大， 僅個別患者發生造血障礙， 多屬藥物的過敏反應， 常導致不可逆再障。 ②和劑量有關， 如各種抗腫瘤藥， 一般是可逆的。 最為肯定藥物引起再障的最常見的是氯黴素， 可以與劑量有關， 也可以與劑量無關， 用氯黴素者比不用者引起再障的風險高出33倍，
2.有機物及放射線 苯類物質和放射線是最先報導的再障誘發因素。 另黏合劑、接觸油漆、殺蟲劑（包括有機磷、除蟲劑、有機氯）有可能會引起再障。
3.病毒感染 如肝炎病毒、風疹病毒、EB病毒、人類微小病毒B19等， 其中病毒性肝炎和再障的關係已較肯定， 稱為病毒性肝炎相關性再障， 主要與丙型肝炎有關， 其次是乙型肝炎。 肝炎相關性再障預後較差， 其發病與肝炎病毒對造血幹細胞有直接抑制作用， 另可通過病毒介導的自身免疫異常有關。
4.環境因素 居民生活在窮困的居住地區、暴露在有毒的環境如工業污染之中、與發生病毒或其他微生物感染有關者，
5.陣發性睡眠性血紅蛋白尿（PNH） 20％-30％PNH可伴有再障， 15%再障可發生顯性PNH， 即PNH伴再障及再障伴PNH紅細胞， 統稱為再障-PNH綜合征。 兩者可發生轉化， PNH轉為再障而PNH表現已不明顯；或再障轉為PNH， 而再障表現已不明顯。
6.其他 免疫因素有文獻報導再生障礙性貧血繼發於系統性紅斑狼瘡、類風濕性關節炎。 遺傳因素罕見病例報導再障在妊娠期發病， 分娩或人工流產後緩解， 第二次妊娠時再發。
