再生障礙性貧血的主要發病環節是細胞免疫異常， 主要是T細胞功能亢進引起的造血組織損傷， 造血微環境與造血幹細胞量的改變是異常免疫損傷所致， 是一種自身免疫性疾病。 這有別于傳統觀念認為再障為物理、化學或生物因素引起的造血組織“種子/蟲子/土壤”異常、造血功能衰竭綜合征。
1.異常免疫反應損傷造血幹／祖細胞 各種致病因素引起：①樹突狀細胞（DCl）活化， 患者免疫耐受打破；②免疫啟動：CD4+和CD8+T細胞都被啟動， T細胞在抗原刺激下克隆性增殖， T細胞亞群失衡， Th：細胞增多、Th1/Th2比值增高， 從而導致異常的T淋巴細胞可直接抑制骨髓細胞的生長；或分泌多種造血負調控因數，
2.造血幹細胞減少或缺陷 再障患者骨髓CD34+細胞明顯減少；骨髓中粒-單核細胞集落生成單位（CFU-GM）、紅細胞集落生成單位（CFU-E）、巨核細胞集落生成單位（CFU-Meg）都減少。
3.造血微環境的缺陷 再障患者骨髓活檢示造血細胞減少， 骨髓脂肪化， 靜脈竇壁水腫、出血、毛細血管壞死；部分AA骨髓基質細胞體外培養生長情況差；骨髓基質細胞受損的AA做造血幹細胞移植不易成功。
總之， 獲得性再障是遺傳易感性和環牆田委託闊輛廟喲結果..免疫異常是致病的共同途徑，
