甲真菌病經過徹底的治癒後， 一般不會復發,但應預防再度感染， 趾甲癬的再感染率較指甲高， 造成再度感染的因素大致有以下幾個方面：
1.致病菌耐藥：近年來真菌感染的發病率急劇增加， 就像細菌對抗生素產生耐藥性一樣,隨著抗真菌藥物應用日益廣泛,耐藥菌株也會出現。
2.再感染：甲真菌病治癒， 但沒有同時治癒手足癬， 導致指甲再度被感染， 是造成甲癬復發的重要因素。
3. 治療不足：部分患者， 在指甲即將恢復正常形態時， 即認為徹底治癒， 便停止了用藥， 並未完成治療， 也會產生重新感染。 在一項臨床研究中，
4.甲營養不良：因患有其他疾病等原因， 引起甲營養不良， 使甲板自身防禦真菌的能力下降且甲生長速度緩慢， 而使指甲重新感染。
5.基礎疾病：糖尿病、免疫力低下、老年人等人群均為甲真菌病的多發群體,容易再次感染。
6.外傷：再次外傷引起致病真菌侵入甲板重新感染， 這種情況也不少。
7.化學物質刺激：長期接觸汽油、油漆、洗滌劑和強鹼性肥皂等物質， 改變了正常皮膚甲板表面的酸鹼度和防禦能力， 而導致重新感染。
8. 藥物吸收差：對某些特殊的病例， 比如病甲腔隙的出現可使皮膚癬菌在甲內過度生長或導致甲床角質的海綿樣變性， 從而使腔隙內含有成團的壞死角質和大量菌絲， 藥物無法彌散進入這些菌絲團中， 導致治療失敗。 這種情況下應採用外科拔甲或40%尿素封包除甲聯用口服藥物治療效果較好。
9. 藥物的相互作用：比較而言， 藥物之間的相互作用對甲真菌病療效影響相對較少。 主要表現在肝藥酶誘導劑可加快特比萘酚的血漿清除， 使血藥濃度降低， 肝藥酶抑制劑可抑制特比萘酚的血漿清除， 使血藥濃度升高。 因此， 在合併使用這些藥物時， 應適當調整藥物的劑量， 使其處在有效的血藥濃度的範圍內。
