危害茯苓的病害蟲有很多種， 其病原菌主要是木黴、青黴、麯黴等真菌， 它們主要危害料筒。 另外， 軟腐病主要危害茯苓子實體長成的大茯苓。
預防方法是：備料時將料筒先在地下墊枕木後碼起， 下雨前， 最好在料筒上蓋地膜或稻草， 以防被雨淋濕。 在栽培前一天， 用0.1%高錳酸鉀溶液或 1：800的多菌靈懸濁液；將所有料筒噴霧一次， 以殺死真菌孢子或菌絲體。 如果發現長成的大茯苓表皮軟腐， 應及時採收加工。
危害茯苓的害蟲也有很多種， 但最大的天敵是白蟻。 可以說， 能否防治白蟻， 是茯苓栽培者能否獲得栽培成功和效益的首要條件。
白蟻的防治方法
1、隔年誘殺法
如果您想把某一塊農田準備拿來作為明年的茯苓栽培場所， 那麼， 今年立夏過後， 您在這塊田中等距離挖3～5個0.5m3的小坑， 坑中放入乾枯的松枝， 用水潑濕， 掩土， 過半個月後， 扒開覆土， 如果發現有白蟻活動， 您就用“滅白蟻靈”粉劑塗撒在白蟻身上， 那麼， 白蟻便會中毒相互傳染， 最後傾巢死亡。 這便為明年栽培創造了良好的條件。
2、加呋喃丹防治法
這是一種在栽培茯苓時另加農藥呋喃丹防治白蟻的方法。 在栽培茯苓時， 先在栽培場地分廂栽培時， 每隔1尺遠挖深約15cm的小坑， 坑中放入枯松樹枝和乾鬆毛， 同時放一塊大拇指大的茯苓菌種， 並在松枝松毛周圍均勻地、輕輕地放上10克呋喃丹，
