（1）藥物治療：主要是激素療法。 因為異位內膜對卵巢內分泌有反應， 所以採用性激素治療已成為本病的重要治療方法。 性激素治療主要是抑制排卵或引起閉經， 使異位內膜發生退行性變， 繼而壞死、吸收。 經過性激素泊療後約有85%的病人的症狀可緩解， 也有的病人經治療後妊娠。 但性激素類藥物如常有不同程度的副反應， 如食欲減退、噁心、肝功能不正常等， 停藥後可以消失。 也有些病人長期使用後， 療效不夠穩定， 且停藥後容易復發。 因此性激素治療應當在醫生指導下應用。 目前常用的性激素有雄激素、孕激素、雌激素、丹那唑等。
（2）手術治療：經藥物治療無效， 卵巢形成較大的囊腫（內膜異位）、盆腔病變嚴重或症狀嚴重者， 應考慮手術治療。 手術可分為保守性、根治性和半保守性3種：①保守性手術：主要是切除患側卵巢或剝除卵巢內膜異位囊腫， 分離盆腔粘連， 清除盆腔病灶， 保留生育機能。 這種手術多用在年輕和要求生育的病人。 ②根治性手術：包括全子宮、雙附件及盆腔病灶切除。 主要用在年齡較大的近絕經期的病人後半保守性手術；就是切除子宮或子宮病灶， 切除盆腔病灶， 保留一側或雙側卵巢。 保守性或半保守性手術因為保留了卵巢， 所以病變可能復發， 甚至要再次手術。 這些病人通常在保守性手術後， 要用性激素治療一段時間。
