抗菌藥物特別是抗生素應用於臨床後， 使很多感染性疾病的死亡率大幅度降低;但同時也帶來不良反應， 嚴重者可致殘或致死。 人們在實際應用抗菌藥物時， 常常只注重其治療作用， 對不良反應注意不夠， 因而造成治療的失敗。
抗菌藥物的不良反應主要表現在以下幾個方面：
毒性反應
指由抗菌藥物引起的生理、生化等異常以及組織、器官的病理改變， 其嚴重程度一般隨劑量增大及療程的延長而增加， 多屬於可逆反應。 毒性反應是不良反應中最常見的一種， 主要表現在腎、神經系統、肝、血液、胃腸道、給藥局部等。
變態反應
幾乎每一種抗菌藥物都可引起一些變態反應， 最嚴重的是過敏性休克， 大多由青黴素引起;最多見的是皮疹， 各種抗生素均可引起;以發熱、關節痛、蕁麻疹為表現的血清病樣反應則多見於青黴素和頭孢黴素;萬古黴素可引起紅人綜合症。 另外， 還有藥物熱、感光反應等。
二重感染
指抗菌藥物使用過程中新出現的感染。 是由於長期、大量使用廣譜抗生素後， 敏感菌群受到抑制而未被抑制的菌群乘機大量繁殖所致。 二重感染的病原菌常對多種抗菌藥物耐藥， 加以人體抵抗力因原發病和（或）原發感染而顯著降低，
為了預防抗菌藥物的不良反應， 醫務人員須做到：①認真詢問既往史， 包含既往用藥史、家族史及藥物過敏史等， 嚴格執行皮試常規;②應用任何抗菌藥物前應充分瞭解其可能發生的各種反應及防治對策;③慎用毒性較強的抗生素， 聯合用藥時要警惕毒性的協同作用;④避免長時期大劑量使用抗生素尤其是廣譜抗菌素;⑤出現不良反應要立即採取相應搶救及治療措施。 病人則應在醫務人員的指導下應用， 切忌隨意服用。
