一、組織病理學檢查
慢性肝炎的基本病變為小葉內除有不同程度肝細胞變性和壞死外， 匯管區及匯管區周圍炎症常較明顯， 常伴有不同程度的肝纖維化， 根據其程度分別分為1～4級（G）和1～4期（S）。
二、輔助檢查
1、生化學檢查：
1）ALT和AST血清水準一般可反映肝細胞損傷程度， 最為常用。
2）膽紅素通常血清膽紅素水準與肝細胞壞死程度有關， 但需與肝內和肝外膽汁淤積所引起的膽紅素升高鑒別。 肝衰竭患者血清膽紅素常較高， 且呈進行性升高， 也可出現膽紅素與ALT和AST分離現象。
3）凝血酶原時間（PT）也是反映肝臟凝血因數合成功能的重要指標。
4）膽鹼酯酶、血清白蛋白反映肝臟合成功能。 慢性乙型肝炎、肝硬化和肝衰竭患者的血清白蛋白下降或球蛋白升高， 表現為血清白蛋白/球蛋白比值降低。
5）甲胎蛋白（㈣明顯升高往往提示HCC， 故用於監測HCC的發生；AFP升高也可提示大量肝細胞壞死後的肝細胞再生， 可能有助於判斷預後。 但應注意AFP升高的幅度、持續時間、動態變化及其與ALT、AST的關係， 並結合患者的臨床表現和B超等影像學檢查結果進行綜合分析。
2、 HBV血清學檢測：HBV血清學標誌包括HBsAg、抗-HBs、HBeAg、抗-HBe、抗-HBc和抗-HBc IgM， 目前常採用酶免疫法（EIA）、放射免疫法（RIA）、微粒子酶免分析法（MEIA）或化學發光法等檢測。
3、HBVDNA、基因型和變異檢測：
1）HBV DNA定性和定量檢測反映病毒複製情況或水準， 主要用於慢性HBV感染的診斷、血清HBV DNA及其水準的檢測，
2）HBV基因分型常用的方法有：①基因型特異性引物PCR法；②限制性片段長度多態性分析法（RFLP）;③線性探針反向雜交法（INNO-LiPA）：④PCR微量板核酸雜交酶聯免疫法：⑤基因序列測定法等。 但目前國內尚無經國家食品藥品監督管理局（SFDA）正式批准的HBV基因分型試劑盒。
3）HBV耐藥突變株檢測常用的方法有：①HBV聚合酶區基因序列分析法；②限制性片段長度多態性分析法（RFLP）;③螢光即時PCR法；④線性探針反向雜交法等。
4、病原學檢查：病毒性慢性肝炎有相應病毒血清學標誌陽性結果， 自身免疫性慢性肝炎有多種自身抗體陽性， 如抗核抗體（ANA）、抗平滑肌抗體（ASMA）、線粒體抗體（AMA）、肝細胞膜抗體（LSP抗體和抗LMA）， 但病毒性慢性肝炎偶爾可測到某些自身抗體低濃度升高。
5、超聲檢查可供分度參考：輕度：肝脾無明顯異常改變；中度：可見肝內回聲增粗， 肝臟和（或）脾臟輕度腫大， 肝內管道（主要指肝靜脈）走行多清晰， 門靜脈和脾靜脈內徑無增寬；重度：B超檢查可見肝內回聲明顯增粗， 分佈不均勻；肝表面欠光滑， 邊緣變鈍；肝內管道走行欠清晰或輕度狹窄、扭曲；門靜脈和脾靜脈內徑增寬；脾臟腫大；膽囊有時可見“雙層征”。
