（1）感染
妊娠前三個月患病毒或細菌感染， 尤其是風疹病毒， 其次是柯薩奇病毒， 其出生的嬰兒先天性心臟病的發病率較高。
（2）其它
如羊膜的病變， 胎兒受壓， 妊娠早期先兆流產， 母體營養不良、糖尿病、苯酮尿、高血鈣， 放射線和細胞毒性藥物在妊娠早期的應用， 母親年齡過大等均有使胎兒發生先天性心臟病的可能。
（3）遺傳因素
先天性心臟病具有一定程度的家族發病趨勢， 可能因父母生殖細胞、染色體畸變所引起的。 遺傳學研究認為， 多數的先天性心臟病是由多個基因與環境因素相互作用所形成。
其它
有些先天性心臟病在高原地區較多， 有些先天性心臟病有顯著的男女性別間發病差異， 說明出生地海拔高度和性別也與本病的發生有關。
在先天性心臟病患者中， 能查到病因的是極少數， 但加強對孕婦的保健， 特別是在妊娠早期積極預防風疹、流感等風疹病毒性疾病和避免與發病有關的一切因素， 對預防先天性心臟病具有積極意義。
在人胚胎發育時期（懷孕初期2-3個月內）， 由於心臟及大血管的形成障礙而引起的局部解剖結構異常， 或出生後應自動關閉的通道未能閉合（在胎兒屬正常）的心臟， 稱為先天性心臟病
