目前對面肌痙攣的確切發病原因尚不清楚, 多認為與面神經異位興奮或偽突觸傳導有關。 其誘發因素很多, 可為內因也可為外因, 大體可概括為以下4類。
首先, 與面神經受到某種壓迫而發生病理性傳導有關, 大部分患者發病與血管交叉壓迫面神經有關, 常見的血管包括小腦後下動脈、小腦前下動脈、椎神經動脈等等, 另有少部分患者發病與動脈瘤、動靜脈畸形或腦瘤等壓迫面神經根部有關。
其次, 一部分患者為特發性面神經癱瘓恢復後出現繼發性的面肌痙攣, 多發生在患側, 可能與面神經炎導致神經脫髓鞘的病理改變不能完全恢復,
再次, 偶爾有外傷或腫瘤術後發生患側面肌痙攣, 可能與面神經的恢復過程中與其他腦神經糾纏有關, 短路的神經興奮時可帶動患側面部的肌肉抽動。
最後, 從中醫的角度看, 面肌痙攣的發生與素體陰虧或體弱氣虛有關, 氣虛引起陰虛、血少、筋脈失養, 風寒上擾頭面而致, 病位雖在面部, 實與肝、脾、腎、膽、胃等臟腑相關。