尋找和確定的肛瘺內口的方法有：
一肛鏡檢查 直視下看到齒線全部， 內口常在紅腫發炎的肛瘺， 有分泌物， 對可疑的肛隱窩可用銀質園頭探針探入。
二探針檢查 先於肛門內插入手指， 用銀質園頭探針， 由外口沿管道向腸腔方向輕輕探入， 完全性肛瘺， 腸腔內手指在齒線附近可摸到探針確定內口， 探時切忌盲目用力， 免成假道， 使感染擴散。
三染色檢查 將幹紗布放入直腸內， 將美蘭1～2ml由外口徐徐注入， 然後拉出紗布， 如有染色， 即證明有內口存在。
四手術檢查 切開瘺道， 沿瘺道尋找內口， 一般容易找到。
五肛竇鉤檢查 以窺器伸入肛門， 可見有紅腫炎症的肛竇， 內口多在此處。 用肛竇鉤反復檢查肛竇， 不難找到內口。 探時忌用暴力， 以免穿破正常肛竇， 造成新的感染內口。
六美藍標記 將一塊適中的紗布放置於肛門內， 而後將5%的亞甲藍水溶液由外口注入瘺管， 然後輕輕將紗布拉出， 觀察內口的位置。 爾後， 用窺器擴開肛門， 在齒狀線附近， 著色最顯著處， 以肛竇鉤或探針探查， 多數可發現內口。
七其他 如X線檢查、肛管壓力測定等檢查方法， 較少用， 有條件者也可採用。
