膽汁反流性胃炎與其他胃炎相比內鏡下表現並無顯著特異性。 開始為淺表性， 表現為胃黏膜或吻合口周圍明顯充血、水腫、粗糙、脆弱、容易出血， 可有多發性糜爛。 病程較久者可漸趨向萎縮， 形成慢性淺表萎縮性胃炎， 粘膜呈紅白相間或灰白色， 粘膜變薄， 可透見血管網， 或伴粘膜糜爛、潰瘍。
同一患者可有數型胃炎並存， 並常伴有腸腺化生， 後者在內鏡下呈灰或黃白色的輕微隆起性結節， 約芝麻至米粒大小， 夾雜在充血的炎症粘膜之間， 以吻合口周圍及胃竇較多。
膽汁反流的內鏡表現：內鏡下可見食管內或胃內有黃綠色液體， 粘膜見黃染， 幽門功能失調者可見食管內或胃內有黃綠色液體， 粘膜見黃染， 幽門功能失調者可見膽汁通過幽門口向胃內反流。 有學者認為， 僅僅通過上述表現來證明有膽汁反流不是很恰當的， 因為做胃鏡時患者往往不合作， 噁心等對結果的影響很大。
Nasrallah等研究110例患者發現鏡下見胃黏膜膽汁染色與胃內膽汁濃度、內鏡下病變的嚴重程度及活檢組織學損傷的程度之間無相關。
內鏡檢查需要有經驗的醫生進行， 可以減輕對患者的不良刺激， 診斷結果也就比較可靠
