生理性卵巢囊腫也稱功能性卵巢囊腫， 多見於處於生殖年齡的女性， 囊腫可隨月經來潮減少或消失。 但囊腫變大也可引起下腹脹痛， 主要可分為4種類型。
1.出血性囊腫
由於囊腫生長過於迅速， 可對卵巢等周圍組織造成壓迫和牽拉， 進而引起破裂出血， 血液堆積于卵巢內形成出血性卵巢囊腫。 這類情況囊腫消失需要的時間較長， 可遵醫囑服藥減緩症狀， 病情較嚴重時需要開刀切除。
2.漿液性及黏液性卵巢囊腫
此類囊腫較難自行消退， 一般3個月後仍不見消退者， 需要手術治療。 具有分泌功能的漿液細胞及黏液細胞在排卵後被包埋在卵巢內，
3.巧克力囊腫
是指子宮內膜異位症長在卵巢內， 形成大量黏稠咖啡色像巧克力狀的液體。 巧克力囊腫可隨時間推移迅速增大， 不斷對周圍組織和器官形成巨大壓迫和損害， 尤其可對卵巢組織形成不可逆的損害。
4.畸胎瘤
功能性卵巢囊腫中的畸胎瘤是一種很特別的囊腫， 多為實質性， 可同時存在大小不等的囊腔， 內含外、中或內胚層組織的衍生物如毛髮、牙齒、軟骨、平滑肌、支氣管或腸壁等。 畸胎瘤本身不會自行消失， 而且有可能不斷成長， 大部分為良性囊腫， 另有15%機率造成卵巢扭轉， 為避免不必要的傷害， 也應及時治療。
