診斷卵巢囊腫要明確鑒別其屬惡性還是良性， 主要通過以下幾種檢查， 測出其是否存在腫瘤標誌物。
1、超聲檢查
超聲檢查是一種較為簡單有效的診斷方法， 如囊腫為良性， 超聲波下可清晰見到單側囊性組織；如囊腫為惡性， 一般超聲波下局部病灶的邊界不清， 且多有分隔， 並伴有腹水。 另外， 超聲檢查還可檢測腫塊的部位、大小、形態以及性質， 不僅可提示腫瘤的囊性或實性， 還可鑒別囊腫的良性或惡性， 為後續治療方案的治療打下良好基礎， 是一個重要的參考指標。
2、放射檢查
放射檢查主要包括腹部平片、靜脈腎盂造影、吞鋇放射檢查以及淋巴造影檢查4個診斷專案，
3、腹腔鏡檢查
腹腔鏡檢查可直接看到腫物的大體狀況， 並可清晰觀察整個盆腹腔， 在可疑部位進行多點活檢， 並吸收腹液進行細胞學測定， 以明確診斷囊腫的良、惡性， 對後續治療可起到一定指導作用。
