形成肛瘺的原因很多，
絕大部分肛瘺是肛門周圍膿腫破潰或切開排膿後，
膿腫逐漸縮小形成的瘺道。
另外，
直腸肛門部的外傷、手術也可形成肛瘺。
結核病、潰瘍性結腸炎、克隆病、肛管直腸癌等疾病可併發肛瘺。
但均較少見。
肛瘺的主要症狀是瘺外口常有少量膿性、血性、粘液性分泌物流出，
流出的分泌物刺激周圍皮膚，
使肛門部潮濕、騷癢不適，
有時形成濕疹。
如急性發作，
或外口癒合時，
瘺管中常有膿腫形成，
可伴有發熱、痛疼等症狀。
如不及時治療，
上述症狀常反復發作，
經久不愈。
肛瘺一旦形成，
便不能自愈。
1.直腸內的污染物不斷進入內口， 內口持續感染。
2.長期慢性炎症及反復感染， 局部病灶形成纖維化管壁， 管道常彎曲狹窄， 致引流不暢。
3.肛門周圍支援組織， 特別是括約肌的收縮， 可致管道排膿不暢， 使感染沿括約肌間隙蔓延。 因此， 一旦確診肛瘺， 即應手術治療， 並且要及時治療， 因為， 病程越長， 瘺管可能向四周蔓延， 形成較多管道或較多外口， 成為複雜肛瘺， 這一方面給治療帶來困難， 同時手術創傷、癒合時間也會相應增加。
