相對而言， 兒童肛瘺較少， 但出生後3個月的嬰兒， 以及未滿1周歲的幼兒， 也常會出現肛門腫痛、化膿的情況。 由於小兒肛瘺管道較為短淺， 排膿後症狀可很快減輕， 並多數可自愈， 部分患兒隨年齡增長而自愈， 因此， 一般主張不行手術治療。
對此， 應對症處理， 每日清潔肛門並坐浴， 適當使用抗生素及外用藥膏， 消炎消腫， 控制和減少膿腫的發生， 加速自愈。 對反復發作不能自愈的患兒， 要擇期至能承受手術時， 再進行手術治療， 手術年齡以5～10歲為宜， 對於低齡幼兒患該病的原因， 以及自愈的原因， 尚不明了。
據國內外統計， 嬰幼兒肛瘺在出生後6個月以內發病者占小兒肛瘺的2/3;在生後3個月內發病率最高， 其中生後1個月內發病者為最多見。 男性多於女性， 男性占80%—90%， 嬰幼兒肛瘺發病部位多在肛門兩側， 瘺管多呈淺在、單純、垂直。 複雜而瘺深的較少， 有部分患兒未治可自愈， 待成人後可再發。
根據肛門炎症、膿腫、瘺道三個不同階段採用不同的治療原則：
①當肛門周圍尚未形成膿腫， 僅見皮下有炎症反應時;可採用保守治療， 每日用溫開水坐浴2—3次， 適當吃些抗生素， 局部可用金黃如意膏外敷等消炎、消腫治療。
②如膿腫已形成， 可切開排膿， 預防反復感染， 由於距肛竇較近， 可一次切至肛竇， 可避免日後成肛瘺。
③多數小兒肛瘺， 可隨發育生長自己癒合，
