許多灰指甲患者在治癒一段時間後又出現了復發, 大部分復發的指甲或趾甲是原受感染的指甲, 而少部分患者連沒有感染的指甲或趾甲也出現感染。 這說明灰指甲還沒有完全治癒, 或出現了促進再感染的因素。
灰指甲治療需要一個過程, 治癒後還需要一定的鞏固期。 如果沒有及時鞏固治療, 可能造成真菌被抑制而沒有完全被殺死, 因此很難保證不會出現死灰復燃。
灰指甲常不是一個單獨存在的疾病, 灰指甲的病人往往同時伴有手足癬。 手足癬和灰指甲的病原菌是相同的, 包括皮膚癬菌(毛癬菌屬、表皮癬菌屬、小孢子菌屬)、念珠菌(假絲酵母菌)及非皮膚癬菌類真菌。
有些患者經過標準的療程, 足部灰指甲完全治癒了, 也經過了鞏固治療, 保證殺菌的完全性, 並且也治療了腳癬, 最後還是復發了。 人們在對足部殺菌時, 往往忽略了清潔自己的鞋襪, 導致真菌寄生在鞋襪中, 再次感染趾甲。