先心病手術時間的選擇要綜合各種因素, 年齡小對手術的耐受性是相應差一些, 手術的危險性也大一些, 但是如果心臟畸形複雜或病變嚴重, 可導致血液迴圈紊亂, 引起心肺功能損害。
隨著年齡增大, 心肺功能的受損也逐漸加重, 即使以後心臟畸形可以通過得到糾治, 但受損的心肺組織其功能已難以恢復, 手術成功也達不到治癒的目的。 有些重危病兒由於手術不及時而危及生命。 所以, 先心病手術的最佳時間應該根據患兒的具體病情而定。
最常見的先心病動脈導管未閉、室間隔缺損、房間隔缺損,
對青紫型先心病, 如法洛四聯症、肺靜脈異位引流等病情嚴重的患兒, 如經常有缺氧發作的也應在嬰兒期手術。 如病情不很嚴重, 有青紫但不影響生活的可以在2歲後手術。 對嚴重的心血管畸型, 如大動脈錯位;永有動脈幹、肺動脈閉等, 應按病兒的不同情況, 儘早爭取手術。