西地那非被認為是治療陽痿最有效的口服藥， 臨床總有效率為77﹪， 臨床應用上總體講是安全、可靠的， 常見的不良反應有頭痛、面色潮紅、消化不良， 少數患者有鼻塞、視覺異常、腹瀉、血壓下降、皮疹等， 但大多都是輕至中度， 且為一過性， 未見異常勃起發生的報導。
證據舉例
在1998年一項涉及四千多例患者的安全性實驗研究結果顯示， 因不良反應而停藥者在西地那非治療組和安慰劑對照組分別為2.5﹪和2.3﹪， 心血管不良反應發生率為3﹪和3.5﹪， 其中80﹪為輕度， 僅0.9﹪因此而停藥。 嚴重的不良反應如心肌梗死、心絞痛的發生率兩組均無顯著差異，
產生不良反應的原因
有報導稱西地那非會改變視覺， 有3﹪~6﹪的患者服用西地那非後出現色盲及視覺模糊， 這是西地那非對於分佈於視網膜上的磷酸二酯酶-1作用的結果。 儘管視覺上的障礙是短暫的， 停藥後一般立即消失， 但對於飛行員、晚上依賴螢光屏工作的人應慎用。
不良反應的出現與磷酸二酯酶-5的分佈有關， 人體許多組織中都含有磷酸二酯酶-5， 如血管平滑肌、支氣管、食管、肛門括約肌、尿道、前列腺甚至血小板中均有分佈。 因此有凝血障礙及活動性潰瘍的患者也應慎用。
