放射性碘治療甲亢與其他治療方法一樣, 除少數患者可出現甲狀腺功能低下外, 無別的後遺症。
放射性碘治療後引起的甲低可分為早發甲減和晚發甲低。 早期是由於腺體破壞, 後期則可能由於自身免疫反應參與, 甲狀腺組織被破壞所致。 早發甲低為放射性碘治療後1 年之內出現的甲低, 大多發生於2~6 個月, 2/3 的患者經2~4 個月可恢復正常。 晚發甲低大多數為不可恢復的永久性甲低, 大量統計資料表明甲亢治癒後永久性甲低的自然發生率可達10%~30%, 這與甲亢這一自身免疫性疾病的轉歸有關, 需少量甲狀腺激素替代治療。