藥物是治療強直性脊柱炎的主要手段之一， 可用於本病的藥物分為如下3類：
第一類是非甾體類抗炎藥：這些藥物能緩解疼痛、減輕症狀但並不能阻止病情的發展， 不能抑制脊柱強直的發生。
該類藥可減輕症狀， 有助於患者早期進行功能鍛煉及從事正常工作、生活。 應用這類藥物的患者可掌握一個原則：即有疼痛時才服用， 一旦疼痛消失可停用， 這主要為避免藥物的胃腸道副作用。
這類藥種類、劑型很多。 常用的非甾體類抗炎藥有消炎痛、萘普生、舒林酸（奇諾力）、雙氯滅痛（扶他林）、布洛芬、諾松、美洛昔康等。
第二類藥為慢作用藥：這類藥物起效緩慢， 與非甾體類抗炎藥不同的是這類藥可能通過抑制機體免疫功能， 有延緩疾病發展的作用。
這類藥為治療的主要藥物， 患者應長期服用而不能因為症狀緩解即停藥。 這類藥主要有柳氮磺胺吡啶和甲氨喋呤， 其中以柳氮磺胺吡啶為首選。
第三類為糖皮質激素：一般不提倡首先使用糖皮質激素， 只有對第一、二類藥物治療效果不佳， 且關節炎症重， 特別是有關節積液以及有關節外如內臟器官受累時才可考慮應用， 而且劑量不宜太大， 療程不宜過長。
除上述西藥外， 一些中藥如雷公藤在治療強直性脊柱炎上已被大多數醫生和患者所接受， 但應注意長期使用有不良反應。
