中醫認為， 黃連素性涼， 能清除邪熱或虛熱， 清除有害毒物， 自古以來就是中醫手中的一味清熱解毒良藥。 通常每次口服0.1~0.5克， 每日三次。 黃連素又稱小蘖堿， 藥理研究表明， 其對痢疾桿菌、肺炎雙球菌、金黃色葡萄球菌、傷寒桿菌及阿米巴原蟲有抑制作用， 多用於治療急性腸炎、胃腸炎、細菌性痢疾等， 經臨床觀察發現， 其也有許多新用途。
復發性口腔潰瘍：漱口後將黃連素敷在潰瘍面上，
每日3～4次，
療程不超過4日；或取黃連素片3克、冰片1克，
共研細末，
與豬膽汁調勻，
每次漱口後外搽患處，
早、晚各1次。
小兒痄腮：黃連素5片，
小兒痱瘡：黃連素片1克， 溶入300毫升溫水中洗浴， 每日早晚各1次， 連用3～5天。
嬰兒濕疹：用黃連素10片、青黛10克、枯礬10克、冰片3.5克、強的松150毫克， 共研細末， 加雪花膏拌勻製成100克備用。 使用時外搽， 每天2～3次。
治小兒癤腫：黃連素5片， 研為細末， 加大黃末、蒲黃末、水飛硫磺各5克， 調勻， 用清水調為稀糊狀， 外塗患處， 每日3～5次。
化膿性中耳炎：用黃連素配成的滴耳液， 加0.2毫升消痔靈注射液混勻滴耳， 每日5～6次， 連用5～7天。
褥瘡：創面周圍皮膚常規消毒， 無菌生理鹽水沖洗創面後拭幹。 將無糖衣的黃連素片研成粉末， 加鹽酸環丙沙星注射液調成軟膏狀(用量每平方釐米創面用黃連素0.1克、鹽酸環丙沙星注射液0.5毫升)，
小兒膿皰瘡：取黃連素10片， 溶于200毫升開水中， 較大的膿皰可用注射器抽液， 去掉表皮， 再用黃連素溶液洗患處， 每日2次， 然後用黃連素溶液濕敷， 每日2～3次， 連用2～3天。
潰瘍性結腸炎：將黃連素研為細末， 用蒸餾水製成0.2%的水溶液， 每次取100毫升加錫類散0.6克， 加溫至38℃， 保留灌腸2小時以上， 每晚1次， 14日為1療程， 連用1～2個療程。
