現在大多數慢乙肝患者是兒時就感染乙肝病毒所致， 這種感染可發生在胎內， 常見於分娩過程中， 也可於產後3年內。
由於嬰幼兒的免疫系統尚不成熟， 乙肝病毒感染肝細胞後機體不能識別， 認敵為友而容忍其在機體中存在並複製， 這種現象醫學上稱免疫耐受， 導致病毒在肝細胞內長期存在和複製。
被病毒感染的肝細胞可占肝細胞總數的10%~40%， 而且新生的肝細胞又可再被病毒感染， 如此， 雖然機體成年後免疫系統完備， 但要徹底清除這些病毒已做不到。
病毒“寄生”於肝細胞內， 每次清除反應(即肝炎活動)使部分肝細胞破壞，
核苷類藥物的作用主要是通過阻斷乙肝病毒的DNA的複製而起到治療的作用， 並不能清除乙肝病毒複製的範本， 所以核苷類藥物的治療必須長期服藥。
1、HBeAg(+)慢性乙肝患者， 在間隔至少6個月的兩次檢查中， 均出現HBeAg血清學轉換和HBV DNA檢測陰性， 可終止治療。
2、HBeAg(-)慢性乙肝患者， 有相應的改變HBV DNA低於檢測下限， ALT正常後， 至少再鞏固1年半(經過至少三次複查， 每次間隔6個月)仍保持不變， 且總療程至少達到2年半者， 可以考慮停藥。 由於停藥復發率較高， 可以延長療程。
