甲亢患者經過藥物治療大多數能較好地控制病情， 但有些情況比較特殊， 不適合藥物治療的患者不妨考慮手術治療。
適合手術治療的情況包括：藥物難以控制， 或比較容易復發；甲狀腺明顯腫大， 有壓迫症狀；在藥物的治療期間， 甲狀腺突然增大， 懷疑有惡變可能；患者性格不穩定， 難以堅持長期服藥；患者寧願受短期痛苦， 以求得迅速治癒；患者家住偏遠農村或山區， 難以經常隨診和進行甲狀腺功能檢查；患者合併週期性麻痹， 藥物過敏的；還有的如異位甲狀腺（如胸骨後甲狀腺）、毒性結節性甲狀腺腫、毒性甲狀腺腺瘤、甲狀腺癌或可疑甲狀腺癌等。
但手術治療也有缺點， 就是有一定的手術死亡率（0.２％）， 以及某些手術併發症， 還有可能在術後局部發生出血， 手術中容易傷及喉返神經或喉上神經， 影響發音。 若切除了甲狀旁腺或影響其血液供應， 則引起暫時性或永久性手足抽搐症。 少數術前未妥善準備者可誘發甲亢危象。 少數病例可併發甲狀腺功能減退症。 因此， 患者在術前， 應對於手術的後果有足夠瞭解和心理準備。
