臨床研究發現， 有些人接種乙肝疫苗後血液中沒有產生乙肝表面抗體， 或抗體低於10MIU/ML。 這就不能對接種者提供保護， 防止感染到乙肝病毒。 導致乙肝疫苗無效的原因主要有以下3方面：
1.乙肝疫苗儲存不當
注射乙肝疫苗後沒有效果的主要原因就是疫苗的保存不當， 導致在注射之前就已經失效。 乙肝疫苗的最佳貯運溫度為2℃～10℃。 一般而言， 乙肝疫苗具有良好的熱穩定性， 而一旦凍結， 佐劑膠體完全被破壞， 疫苗也隨之失效。 因此， 乙肝疫苗應該保存在合適的溫度條件下， 隨取隨用， 絕對禁止一次取多隻乙肝疫苗，
2.機體免疫因素影響
乙肝疫苗接種後是否產生乙肝表面抗體， 與機體本身的免疫功能關係密切， 患有免疫缺陷疾病的接種者， 長期使用免疫抑制劑， 還有一些腫瘤患者， 糖尿病患者， 接種乙肝疫苗後機體對疫苗接種的抗體應答會降低。 值得注意的是， 不良的生活習慣也會影響免疫效果， 例如每天吸煙超過5支者， 疫苗接種後乙肝表面抗體比不吸煙者低， 有酗酒習慣的人也是如此。
此外， 不同年齡、體重的接種者對乙肝疫苗的免疫應答也有區別。
3.沒有選擇好的注射部位
乙肝疫苗接種在上臂三角肌效果最好， 其它部位的接種效果則較差， 這是因為除上臂三角肌外， 其他部位的脂肪較厚，
