治療強直性脊柱炎可選用甲氨蝶呤和抗腫瘤壞死因數， 這兩種藥物屬於免疫調製劑， 在非類固醇消炎藥控制不佳， 或有嚴重的周邊關節侵犯， 肌腱骨頭關節以外， 如眼、心、肺的侵犯， 才使用這類藥物， 但目前有積極用藥的趨勢， 尤其對於有幼年發病患者， 更需要使用這類藥物來達到控制病程的目的
甲氨蝶呤
劑量：起始劑量約為每週5-10mg， 如無不良反應， 視病情加量， 最大劑量最好不要超過每週15mg， 一次服用副作用比較大， 可分成二或三次服用。
副作用：1.過敏。 2.血球數減少：各種血球都可能減少， 剛開始使用時大約一個月就要檢查血常規，
起效時間：約1-3個月。
對生育的影響︰無論男女性， 在欲生育前半年宜停用， 且女性懷孕期間不建議服用。
抗腫瘤壞死因數
近年來研究出的抗腫瘤壞死因數， 有依那西普、英夫利昔單抗等， 對於強直性脊柱炎的治療具有良好的效果， 但目前仍處於臨床實驗階段。
沙利竇邁， 肽胺呱啶酮在過去是用來治療孕吐的鎮靜劑， 但因致畸胎而成為禁藥， 最近也被發現有抗腫瘤壞死因數的效果， 可以治療強直性脊柱炎， 也在臨床試驗階段， 欲生育的患者， 不可以接受此種治療。
