系統性紅斑狼瘡關節炎發病的臨床表現無特殊的規律可循， 病程沒有規律性， 開始可能僅有單一的器官受累， 或者多系統同時受累， 全身症狀如發熱、軟弱無力或體重下降， 可能是最早的表現且往往不被人注意。
關節、肌肉：關節受累是最常見的表現， 且往往是首發症狀之一， 關節腫痛可在多系統損害發生之前出現。 最多受累的是近端指間關節、膝、腕和掌指關節， 多為左右對稱性， 骨質侵蝕少見， 骨與軟骨無異常。 患者可有肌炎， 表現為肌肉酸痛、無力， 肌腱也可受累， 由於肌腱病變及肌肉痙攣可引起受節畸形。
皮膚、黏膜：皮膚、頭髮和黏膜病變是本病的第二個最見的表現。 典型的面部蝶形紅斑具有診斷意義， 此紅斑發生在顴頰， 經鼻樑融合成蝶翼狀， 是一種不規則水腫性紅斑， 色鮮紅或紫紅， 邊緣清楚， 可稍高出皮膚。 紅斑亦可累及前額、耳垂、四肢大關節伸面、手背、指伸面、甲周。 有時皮膚可伴有出血及水皰， 疾病緩解時紅斑可消退， 留下少許色素沉著。 部分患者可有黏膜損害， 常累及口腔、唇、舌、鼻腔及支氣管， 出現潮紅、出血或毛細血管擴張性紅斑等。 患者可有彌漫性脫髮或前額部頭髮失去光澤、枯黃、易折斷及長短參差。 皮膚黏膜病變重者可有潰瘍、糜爛。
腎臟：幾乎所有的患本病的患者都有腎臟損害， 一般發生於疾病早期，
