甲氨蝶呤為治療強直性脊柱炎常用藥物之一， 具有較好的治療效果， 但長期大量使用會帶來一系列的不良反應。 患者在使用藥物時， 要密切觀察自身反應， 以降低藥物帶來的不良影響。
1.胃腸道損傷：患者常出現食欲減退、噁心、嘔吐、口唇潰瘍、口腔炎、咽炎、腹痛、腹瀉、消化道出血等胃腸道不適症狀， 其中食欲減退最常見;偶見出血性腸炎。
2.骨髓抑制：主要表現為白細胞和血小板的減少， 導致不同程度的貧血， 嚴重時可出現全血下降、皮膚或內臟出血。
3.肝功能損傷：體現在黃疸、丙氨酸氨基轉移酶、鹼性磷酸酶等增高，
4.腎臟功能損傷：大量使用甲氨蝶呤會出現高尿酸血症腎病， 表現為尿少、血尿、蛋白尿、氮質血症甚至尿毒癥等腎臟損傷的症狀。
5.呼吸系統損傷：患者可表現咳嗽、氣短等不適， 嚴重時可出現肺纖維化或肺炎。
6.皮膚損傷：長期大量使用甲氨蝶呤可使患者皮膚發紅， 出現皮疹及瘙癢感。
7.其他損傷：患者出現脫髮;白細胞降低可誘發感染。
