三叉神經痛與顳下頜關節紊亂綜合征症狀相似， 且均好發於女性， 因此需在診斷時認真鑒別， 以避免誤診的發生。
疼痛部位
顳下頜關節紊亂綜合征疼痛部位為顳頜關節及周圍肌群。
三叉神經痛疼痛部位常右側多於左側， 疼痛由面部、口腔或下頜的某一點開始擴散到三叉神經某一支或多支， 以第二支、第三支發病最為常見， 疼痛範圍絕對不超越面部中線， 亦不超過三叉神經分佈區域， 偶可見雙側三叉神經痛者。
疼痛性質
顳下頜關節紊亂綜合征疼痛為陣發性的銳性疼痛， 可於咀嚼或張口時誘發。
自發性疼痛
顳下頜關節紊亂綜合征患者一般無自發痛， 但一些經久不愈、病程遷延的患者， 可常有關節區發沉、酸脹、咀嚼肌容易疲勞， 以及面頰、顳區、枕區等慢性疼痛和感覺異常。 三叉神經痛則常有自發性疼痛， 且突然發生。
壓痛
按壓顳下頜關節部位時， 顳下頜關節紊亂綜合征患者的可以發現該部位痛覺過敏， 三叉神經痛患者則無此類表現。
下頜運動障礙
顳下頜關節紊亂綜合征常伴有關節彈響、張口時開口型偏斜、歪曲等症狀， 三叉神經痛患者則無此類表現。
