作為皮膚癌中較為常見的一種， 基底細胞癌可以根據癌細胞的分化程度而分為分化型與未分化型兩大類。 另外， 根據鏡下病理表現， 又可將分化型又可分為角化型、囊腫型、腺樣型以及纖維上皮瘤型4種。
角化型
角化型基底細胞癌除了在鏡下可觀察到未分化癌細胞外， 還可見角化不全細胞和角質囊腫。 角質囊腫代表傾向于形成毛幹， 角化不全細胞可排列成束狀或渦形或圍繞角質囊腫， 可能是初期毛髮角化細胞。
囊腫型
囊腫型基底細胞癌在鏡下見癌細胞團中央出現囊腔， 其形成途徑一般是大片癌細胞壞死；癌細胞向皮脂腺細胞分化後崩解，
腺樣型
腺樣型基底細胞癌在鏡下可見腫瘤呈管樣或腺樣結構。 癌細胞排列成互相吻合的條索間為島嶼狀結締組織腫瘤中所見管腔， 其腔壁細胞呈立方形似腺上皮細胞但無分泌活動。 小汗腺上皮瘤系腺樣基底細胞癌的一種向導管方向分化頗似汗管瘤， 但腫瘤體積較大， 並向深部侵襲。
纖維上皮瘤型
纖維上皮瘤型基底細胞癌在鏡下可見癌細胞排列成細長分支的束條狀， 互相吻合， 交織成網， 結締組織基質增生。
