中藥炮製的目的是多方面的， 往往一種炮製方法或者炮製一種藥物， 同時具有幾方面的目的， 這些雖有主次之分， 但彼此之間又有密切的聯繫。
1.有毒中藥炮製均可降低毒性
如川烏、半夏、馬錢子等；有些毒性藥物炮製除降低毒性外， 還可緩和藥性， 如甘遂、芫花醋炙， 巴豆制霜均可緩和瀉下作用。
2.有副作用的藥物炮製均可消除或減弱副作用
如柏子仁具有寧心安神、潤腸通便等作用， 生品服後產生滑腸致瀉的作用， 通過去油制霜炮製後即消除了致瀉的副作用；瓜蔞仁制霜、馬兜鈴蜜炙可消除令人嘔吐的副作用；厚朴姜炙、黃精蒸制可消除對咽喉的刺激性。
3.改變藥性
生品、製品藥性不同， 臨床應用各異。 如蒲黃生用性滑， 活血化瘀， 炒炭後性澀， 止血；生甘草性涼， 清熱解毒， 蜜炙後性溫， 能補中益氣；生地黃性寒， 清熱涼血， 熟地黃性溫， 滋陰補血；何首烏生用。
4.藥性峻烈的藥物經炮製可緩和藥性
如麻黃生用辛散解表發汗作用較強， 蜜制後辛散作用緩和， 發汗力減弱， 而止咳平喘作用增強；蒼術、枳殼麩炒緩和燥性；槐花炒黃、黃連酒炙、大黃酒炙緩和苦寒之性；牛蒡子炒黃緩和寒滑之性等。
5.增強藥物療效
可通過炮製後改變藥物質地， 使其質地酥脆、易於粉碎、利於成分的煎出而提高療效。 如種子類藥物炒黃；質地堅硬的礦物藥、貝殼類煆制。 還可借助輔料的作用增強療效， 如蜜炙款冬花、紫菀等， 由於蜂蜜的協同作用， 可增強其潤肺止咳作用；羊脂炙淫羊藿可增強其治療陽痿的效能；膽汁制南星能增強其鎮驚作用。
6.改變或增強藥物作用的部位和趨向
通過炮製可引藥入經， 改變作用部位及趨向。 如大黃酒炙能引藥上行；柴胡、香附等經醋制後有助於引藥入肝；小茴香、橘核等經鹽制後， 有助於引藥入腎。
7.便於調劑和製劑
礦物類、貝殼類及動物骨甲類藥物， 必須經過煆、煆淬、砂燙等， 使其質地變為酥脆， 易於粉碎及煎出有效成分。
8.矯味矯臭， 利於服用
動物類藥物或其他有特殊臭味的藥物， 炮製後均能起到矯味矯臭的效果， 如酒制烏梢蛇、紫河車、麩炒僵蠶、椿根皮， 醋制乳香、沒藥， 長流水漂洗人中白等。
9.有利於貯藏及保存藥效
(1)藥物經過乾燥處理， 使藥物含水量降低， 避免黴爛變質，
(2)一些昆蟲類、動物類藥物經過熱處理， 如蒸、炒等能殺死蟲卵， 防止孵化， 便於貯存， 如桑螵蛸等。
(3)植物種子類藥物經過蒸、炒、燀等的加熱處理， 能終止種子發芽， 便於貯存而不變質， 如蘇子、萊菔子等。
(4)加熱處理可殺酶保苷， 如黃芩、杏仁等。
10.提高藥物淨度， 確保用藥品質
這是藥物炮製的共同目的。 如種子類藥物要去沙土、雜質， 根類藥物要去蘆頭， 皮類藥物要去粗皮等。