腸梨形鞭毛蟲病感染後潛伏期約12~15d, 有的不出現症狀, 有症狀者多以腹瀉和吸收不良為主要再現, 急性期典型症狀是暴發性水瀉、惡臭便量較多, 腹脹、腹痛、肙氣、嘔吐、糞便中肉眼看不見膿血, 但鏡檢可找到膿細胞。 紅細胞及滋養體或包囊一般急性期歷時3~4d, 但也有的病例遷延不愈, 持續數月或反復發作, 以致吸收障礙, 明顯消瘦。
人體感染鞭毛蟲病後, 潛伏期平均為1~2周, 最長者45天。 相當一部分不出現任何臨床症狀, 成為帶蟲者, 有出現輕微症狀者, 亦有出現嚴重症狀者, 其臨床表現以腹痛、腹瀉、厭食多見,