各種病毒性腦膜炎的臨床表現大致相同。 一般急性起病, 多數病人首先出現類似上呼吸道感染和胃腸功能紊亂的症狀, 隨後出現腦膜刺激症狀, 常有頭痛、發熱、噁心、嘔吐、頸項僵硬等。 還可出現畏光、眼球疼痛、乏力、肌痛、咳嗽、腹痛、腹瀉、手足發麻等表現。 當出現昏迷、病理反射或局灶性神經症狀和體征時, 提示病變已累及腦實質。 病毒性腦膜炎一般呈良性經過, 病程約2~3周, 也可短至幾日。
不同病毒感染可出現各自特異的表現。 某些腸道病毒感染時可出現皮疹, 多與發熱同時出現, 柯薩奇A組病毒感染時有局部或多處斑丘疹,
根據發熱、頭痛、噁心、嘔吐、腦膜刺激征陽性及腦脊液的特點, 本病診斷即可成立。 特殊的病因診斷和病原體的確定有賴於實驗室的病毒學檢查。