扁平苔蘚為上皮角化過度與角化不全, 上皮角化層增厚或變薄, 粒層增生明顯, 棘層肥厚亦可萎縮, 上皮釘突呈鋸齒狀或變平消失, 基底細胞液化變性。 基底膜下方有大量淋巴細胞浸潤帶。 深層結締組織可有毛細血管擴張。 約1/2病例上皮及固有層可見均勻嗜酸染色小體稱作膠樣小體。 炎症越重越易見到, 一般認為它來源於變性上皮細胞及變性的基底膜。 多認為基底細胞變化是重要病理依據。
免疫病理表現 間接免疫螢光血清抗核抗體陽性者占1/3, 滴定度不超過1:40, 與疾病程度不呈相關關係, 不能排除自身免疫疾病,