乙肝疫苗自1979年問世以來， 經過近20年的大規模應用和觀察， 至今尚未見有關於注射後引起嚴重副作用的報導。 只有少數人出現接種部位紅腫、硬結、疼痛， 手臂酸重或發熱、噁心、嘔吐、乏力、皮疹等與一般疫苗接種大致相仿的輕微反應， 多於1-3天內不治自愈。
由於乙肝疫苗屬血源性的， 在製備過程中純化與滅活程式十分嚴密， 故不會產生像破傷風等動物血清疫苗可能造成的過敏反應， 也不會感染上乙肝、愛滋病及其他傳染性疾病。 與其他疫苗同時接種亦末出現相互干擾作用;因此， 可以說， 乙肝疫苗是安全可靠的預防疫苗，
至於注射時應當注意的事項大致有以下幾個方面：
1.凡發熱、嚴重感染及其他嚴重的全身性疾病者， 應暫緩接種。
2.新生兒第一針必須在出生後24小時內注射， 若超過48小時後注射。 則預防效果降低。 出生後一個月仍未行注射者， 則應先檢測有關乙肝指標， 證實未被感染者， 可與乙肝高效價免疫球蛋白， （HBIG）合用。
3.乙肝疫苗與其他疫苗如白百破;卡介苗、乙腦疫苗等同時接種， 互相之間無干擾作用;但有人認為若與麻疹疫苗同時接種， 有可能降低麻疹疫苗的免疫效果， 故二者最好分開接種。
4.注射後局部應保持衛生， 最好三天內不要擦洗， 以免抓破引起局部感染。
5.注射第3針疫苗後的1-3個月，
6.成人注射前需先檢測乙肝病毒（HBV）指標， 已有感染， 或感染後已痊癒並產生保護性抗體者， 不需注射疫苗。
7.凡對福馬林或硫柳汞及其他藥物過敏者禁用。
