在心臟或體內其他臟器中大多有所謂“向心性病毒”呈潛伏狀態， 在機體受寒、發燒、過勞、營養不良、妊娠、分娩、失血、休克、創傷、疫苗接種、缺氧等因素的影響作用下， 導致病毒活動繁殖而發病。 有人證明體力運動能加重病毒性心肌炎， 有人認為可能與運動引起缺氧有關；有許多實驗證明細菌與病毒先後或同時感染， 可以互相加重病情；兩者混合感染比單一感染， 病情要嚴重得多；還有的證明， 許多情況下必須同時有細菌感染的存在， 才能導致病毒感染。 總之， 關於病毒性心肌炎的發病機理還有許多問題需要繼續研究探討。
病毒性心肌炎的發病機理經動物、臨床、病生理觀察， 達到共識的有以下兩種機理：
1．病毒通過血液迴圈直接侵犯心肌、心內膜、心外膜， 在細胞內繁殖， 引起細胞溶解水腫、壞死、心肌斷裂及細胞浸潤等改變。 急性暴發性心肌炎可能屬於此種情況。 也很可能同時有細菌和病毒混合感染協同破壞心肌組織， 使病情惡化兇險。
2．病毒感染後並不直接侵犯心肌組織， 而是對病毒抗原產生自身免疫的結果。 實驗證明病毒可以感染免疫系統， 直接引起免疫功能失調， 各種免疫功能均受累。 病毒抗原的免疫反應， 形成病毒抗原抗體免疫複合物， 它可與免疫球蛋白、類風濕因數及補體成分起反應。 結果在細胞表面引起新抗體與特異性病毒抗體相互作用，
以上資料提示病毒性心肌炎早期可能以病毒直接作用為主， 以後則以免疫反應為主。
