1.一般治療 同急性及慢性菌痢。
2.抗阿米巴治療 根據病情選用下列藥物之一：
（1）甲硝唑(滅滴靈)：成人0.4～0.6g， 3/d， 小兒15mg/kg， 3/d， 連用10d。 不能口服者， 可用0.5％注射液靜滴；能口服時改口服。 服藥期間忌酒， 孕婦及哺乳婦忌服。 慢性病例， 可採用保留灌腸。
（2）替硝唑(甲硝磺醯咪唑)：成人2g， 兒童50mg/kg， 每日清晨頓服， 3d為一療程。 亦可用呱硝噻唑0.18， 3/d， 兒童10mg/(kg·d)， 療程7～10d， 必要時連服1～2療程。
（3）去氫依米丁(去氫吐根堿)：成人60～80mg， 小兒lmg/kg， 1/d， 肌注， 連用5～10d。 毒性較鹽酸依米丁為小， 副作用較輕。
（4）鹽酸依米丁(鹽酸吐根堿)：成人60mg， 小兒lmg/kg， 1/d， 肌注， 連用6d。 本品可致心肌損害及中毒性肌炎， 治療中應臥床休息，
（5）二氯散：0.5g， 3/d， 連服10d。
在應用上述藥物一個療程後， 須選用下列藥物之一， 繼續治療。 甲硝唑可單用。 ①磺碘喹啉：0.5g， 3/d， 連用10d。 ②雙碘喹啉：0.6g， 3/d， 連服20d。 ③巴龍黴素：0.5g， 4/d， 7～10d為一療程。
暴發型患者可選用依米丁3d， 甲硝唑一療程， 同時加用諾氟沙星或妥布黴素或頭孢曲松、拉氧頭孢， 以防治繼發細菌感染。
3.中醫藥治療 單用或與其他抗阿米巴藥物聯合應用。 ①辨證論治：與細菌性痢疾同。 ②可因地制宜選用有效中草藥如白頭翁、鴉膽子、大蒜等。
4.帶包囊者治療 可予二氯散0.5g， 3/d， 共10d；或用甲硝唑0.4g， 3/d， 共5d。
5.接觸者進行醫學觀察 必要時服甲硝唑一療程。 大便有變化時， 應及時塗片或培養痢疾阿米巴原蟲。
