1.病毒性中樞神經系統感染：主要是病毒性腦炎， 病毒性腦膜腦炎及病毒性脊髓炎均可與結腦混淆， 其中散發的病毒腦炎比流行性者更需加以鑒別。 各種病毒性腦膜炎之診斷要點為：①常有特定之流行季節。 ②各有其特殊的全身表現， 如腸道病毒可伴腹瀉、皮疹或心肌炎③腦脊液改變除細胞數及分類與結腦不易鑒別外， 生化改變則不相同， 病毒性腦膜腦炎腦脊液糖及氯化物正常或稍高， 蛋白增高不明顯， 多低於1g/L（100mg/dl）。 ④各種病毒性腦炎或腦膜炎有其特異的實驗室診斷 方法， 如血清學檢查及病毒分離等（參閱各有關專章節）。
2.化膿性腦膜炎：其中最易混淆者為嗜血流感桿菌腦膜炎， 因其多見於2歲以下小兒， 腦脊液細胞數有時不甚高。 其次為腦膜炎雙球菌腦膜炎及肺炎雙球菌腦膜炎。 鑒別除結核接觸史、結素反應及肺部X線檢查可助診斷外， 重要的還是腦脊淮檢查， 在細胞數高於外， 重要的還是腦脊液檢查， 在細胞數高於1000×106/L（1000/mm2）， 且分類中以中性多形核粒細胞占多數時，
3.新型隱球菌腦膜腦炎：其臨床表現、慢性病程及腦脊液改變可酷似結腦， 但病程更長， 可伴自發緩解。 慢性進行性顱壓高症狀比較突出， 與腦膜炎其他表現不平等。 本病在小鍺較少見故易誤診為結腦。 確診靠腦脊液塗片， 用墨汁染色黑地映光法可見圓形、具有厚莢膜折光之隱球菌孢子， 沙保培養基上有新型隱球菌生長。
4.腦膿腫：腦膿腫患兒多有中耳炎或頭部外傷史， 有時繼發於膿毒敗血症。 常伴先天性心臟病。 腦膿腫患兒除腦膜炎及顱壓高症狀外， 往往有局灶性腦征。 腦脊液改變在未繼發化膿性腦膜炎時， 細胞數可從正常到數百， 多數為淋巴細胞，
5.但腦瘤與結腦不同處為： ①較少發熱。 ②抽搐較少見， 即使有抽搐也多是抽後神志清楚， 與晚期結腦患兒在抽搐後即陷入昏迷不同。 ③昏迷較少見。 ④顱壓高症狀與腦征不相平行。 ⑤腦脊液改變甚少或輕微。 ⑥結素試驗陰性， 肺部正常。 為確診腦瘤應及時作腦CT掃描以協助診斷。
典型的結腦診斷比較容易， 但有些不典型的， 則診斷較難。 不典型結腦約有以下幾種情況：①嬰幼兒起病急， 進展較快， 有時可以驚厥為第1症狀。 ②早期出現腦實質損害症狀， 表現為舞蹈症或精神障礙。 ③早期出現腦血管損害， 表現為肢體癱瘓者。 ④同時合併腦結核瘤時， 可似顱內腫瘤表現。
