“吞酸”之病機， 多數醫家認為寒則陽氣不舒， 氣不舒則鬱而為熱， 熱則酸矣。 若不因寒而酸者， 多見於水氣鬱甚， 薰蒸濕土而成或吞酸或吐酸也。 此外， 飲食太過， 胃脘填塞， 脾氣不運而酸者， 是怫郁之鬱， 濕熱蒸變， 然總是木氣所致。 醫家張景嶽雲， “但其順而下行， 則人所不覺， 逆而上出， 則喉口難下甚耳”。 說明吞酸之發生， 在於“氣不舒”、“脾氣不運”， 繼而升降失職， 胃氣上逆成吞酸。 肝、脾、胃之氣機失調， 是吞酸的主要病機。
現代醫學也認為， 吞酸多由於胃腸功能紊亂， 胃中氣體不能順利下排而隨噯氣將胃液反流至咽部，
中醫治療吞酸， 治以調理肝脾， 使胃氣和順為治療原則。 要達到調理肝脾， 當需從整體進行辨證論治， 審證求因， 補其不足， 瀉其有餘。 或清或利， 或消或行， 使肝舒脾健， 吞酸自消。 臨床上常用治吞酸的方劑如左金丸、越鞠丸等， 均有理氣降逆作用。 左金丸用於肝鬱化火者；越鞠丸則用於氣、血、痰、火、濕、食之鬱結所致之吞酸。 除此之外， 保和丸、平胃散也因其有善治食滯， 或濕郁於內， 脾胃不和而吞酸者。 對於虛證， 常用香砂六君子東加減， 以健脾和胃。 對於脾胃虛寒者， 則選用黃芪建中湯理中湯等。 中藥調理胃腸肝脾功能之品有：木香、砂仁、陳皮、半夏、白蔻仁、吳茱萸等，
