中藥材病蟲害的發生將會影響著其生長， 我們需要根據不同的病害選擇合適的農藥來進行施用。
一、根腐病
先由鬚根、支根變褐腐爛， 逐漸向主根蔓延， 最後導致全根腐爛， 直至地上莖葉自下向上枯萎， 全株枯死。 該病常與地下線蟲、根蟎的為害有關， 在土壤粘度重、田間積水過多時發病嚴重。 黃芩、丹參、板藍根、黃芪、太子參、芍藥和黨參等易感染此病。 防治：播前用丙線磷等殺蟲藥劑撒施整土， 防治地下害蟲， 同時施腐熟有機肥， 以增強抗病力。 發病初期可用甲基托布津、多菌靈800—1000倍液灌根， 雨後及時排水。
二、根結線蟲病
由於根結線蟲的寄生， 在藥材根部長了許多瘤狀物， 致使植株生長緩慢、葉片發黃， 最後全株枯死。 此病為害丹參、桔梗、黃芪、人參和北沙參等。 防治時最好與禾本科作物輪作或水旱輪作綜合防治。 藥劑防治方法：
1、土壤消毒。 在播種或定植前， 每平方米用菌線威0.3—0.5克， 對水3500—7500倍液或對過篩濕潤細土200—500倍均勻噴灑或撒施在土表上， 有條件的可用地膜覆蓋48—72小時；或每畝用5%線淨3—4公斤， 拌細土均勻施入播種溝或播種穴內。
2、生長期(發病期)。 用菌線威3500—7000倍液， 澆灌植株基部。
三、白絹病
常在近地面的根處或莖基部， 出現一層白色絹絲狀物， 嚴重時腐爛成亂麻狀， 最終導致葉片枯萎、全株死亡。 常在雨季或土壤受漬條件下發病。 此病為害黃芪、桔梗、白術、太子參和北沙參等。
四、立枯病
最初是幼苗基部出現褐斑， 進而擴展成繞莖病斑， 病斑處失水幹縮， 致使幼苗成片枯死。 此病為害黃芪、杜仲、人參、三七、白術、北沙參、防風和菊花等。 處理辦法：降低土壤濕度， 及時拔除病株， 並用多菌靈等處理土壤， 噴藥預防其他健株感染。
五、枯萎病
發病初期， 下部葉片失綠， 繼而變黃枯死。 重茬地、排水不良的粘土地發病嚴重。 黃芪、桔梗和荊芥等藥材常感染此病。 防治辦法：應與禾本科作物輪作， 發病初期用多菌靈、甲基托布津等藥劑噴灑處理。
六、菌核病
發病時幼苗基部產生褐色水漬狀病斑， 幼莖很快腐爛，
