以種子繁殖為主， 通常先播種育苗再行移栽， 亦可分株繁殖。
1、採種與種子貯藏
選用移栽3～4年以後結的種子品質最好。 當蓇葖果變為黃綠色時， 應及時採收， 避免日曬， 幹後， 搓打出種子。 黃連種子屬胚後熟類型， 需經歷形態後熟與生理後熟兩個階段。 促成種胚發育的溫度條件在5～20℃為適宜， 種子採收後如放在冰箱(5～10℃)內層積， 可在6～9月內完成形態後熟。 完成形態後熟的種子， 還必須在0～5℃低溫下1～3個月完成生理後熟。 完成生理後熟的種子， 於翌年春播種整齊出苗。 因此， 黃連種子需要經過一個低溫階段才能打破其休眠而發芽，
2、播種育苗
最好整成寬130～150cm， 高15cm的高畦， 長10～15m為宜， 四周開排水溝。 每畦間溝寬40cm， 深15cm。 於10～11月份用經過貯藏的種子播種， 由於種子細小， 需用種子體積20～30倍的細腐殖質土與種子拌和均勻、撒播於畦面， 然後蓋0.5～lcm厚幹細腐熟牛馬糞一層。 播種後一般於翌年2月份出苗。 每667平方米播種2.5～3kg， 可育成45萬～46萬株苗。 第二年春移栽定植， 按行株距10cm×l0cm， 一般每667平方米栽苗6萬株左右。 黃連移栽前， 用5～10μl/L2， 4-D溶液浸根12h， 可提早20天以上生根， 且根系增長速度快。
3、分株繁殖
3～4年生的植株， 可進行分株， 選留根莖長0.5～1cm的連苗作分株苗， 栽後當年就有70％植株開花結籽。 分株繁殖， 有生長快、品質好的優點。
