1、藥物治療
也就是激素療法， 通過藥理刺激體內激素分泌。 因為異位內膜對卵巢內分泌有反應， 所以採用性激素治療已成為本病的重要治療方法。 性激素治療主要是抑制排卵或引起閉經， 使異位內膜發生退行性變， 繼而壞死、吸收。 經過性激素治療後約有85%的病人的症狀可緩解， 也有的病人經治療後妊娠。
2、手術治療
根治性手術即將兩側卵巢和子宮全部切除， 這對年輕和未生育的婦女是極其殘酷的， 所引起的併發症、後遺症給患者身心造成一定的痛苦， 術後會發生絕經期綜合症。 保守性手術將病變部位局部切除、剝離、剔除，
3、放射治療
放射治療子宮內膜異位症的作用， 在於破壞卵巢組織， 從而消除卵巢激素的影響， 使異位的內膜萎縮， 達到治療的目的。 放射線對異位的內膜破壞作用並不明顯， 但對既不能耐受激素治療又因病灶位於腸道、泌尿道及廣泛盆腔粘連， 尤其是合併心、肺或腎等嚴重疾病， 本人又十分懼怕手術的個別患者， 也可採用體外放療， 破壞卵巢功能， 達到治療目的。 即便個別接受放療者， 必須先明確診斷， 特別是不能將惡性卵巢腫瘤誤診為子宮內膜囊腫， 以至錯治而延誤正確治療。 放射治療對身體有很大的副作用，
