肛瘺的病因其實是比較複雜的， 並且也往往不容易被患者所理解， 所以， 建議是， 在肛瘺的預防上， 以及治療上， 重點參考飲食， 感染兩個方面的因素， 尤其是在出現肛門損傷的情況下， 衛生更需要重視， 下面就肛瘺的病因進行介紹：
1、腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘺管， 刺激管壁， 使管壁結締組織增生變厚， 管腔難以閉合;
2、內口的存在， 膿腫雖然破潰或已切開引流， 但原發感染源如肛竇炎或肛腺感染依然存在， 腸腔內容物還可從內口繼續進入瘺管;
3、管道多在不同高度穿過肛門括約肌， 括約肌收縮阻礙膿液排出，
4、肛門部不能靜養， 膿腔不易粘合， 排糞、排尿時， 因括約肌收縮或因炎症刺激肛門括約肌， 使肛門括約肌經常處於痙攣狀態;
5、膿腔引流不暢， 或外口縮小， 時閉時潰， 膿液蓄積腔內， 導致膿腫再發並穿破而形成新的支管或瘺道;除此之外， 結核克隆重氏病、潰瘍性結腸炎等都是形成肛瘺的原因。
肛瘺是臨床上非常常見的肛腸疾病之一， 在目前來說， 雖沒有痔瘡， 以及肛裂高發， 但這種疾病與肛裂相同， 發病群體並不是單一， 雖說主要是以中青年為高發群體， 但實際上， 小兒肛瘺的發病率也是不可忽視的。
