想要做好百日咳的預防就應當及時發現並且隔離病人。 百日咳一般起病後隔離40天， 或痙咳開始後30天；患者的痰、口鼻分泌物要進行消毒處理；要保護易感者， 進行預防接種， 注射白喉類毒素、百日咳菌苗、破傷風類毒素三聯疫苗已列入常規預防接種計畫之中；對於嬰幼兒及體弱的接觸者， 可給予百日咳多價免疫球蛋白作被動免疫， 還可用紅黴素作藥物預防。
生育年齡婦女血清中保護性抗體效價一般都不高， 因此多數新生兒都未能獲得被動免疫保護， 故應儘早安排主動免疫。 現在主張出生後2個月開始接種3次百日咳疫苗，
全細胞百日咳疫苗含有滅活百日咳桿菌以及明礬沉澱白喉和破傷風類毒素的懸液（DTP）（百白破）。 免疫接種不能提供終生保護。 接種者4年內接觸約80%可以獲得保護， 而未免疫對照組類似接觸時， 80%-90%將患百日咳。 百日咳疫苗的預防功效， 在英國 1977-1979年和1982年的流行中， 得到確切證明， 這是疫苗接種率將至極低水準3-5年後發生的， 結果上報的百日咳達170000例以上， 包括 42例死亡， 主要為5歲以下的幼兒。 日本和瑞典也有過因為疫苗接種減少而發生類似爆發流行性事件。
注射全細胞百日咳疫苗後， 常發生注射處疼痛和發熱、高度激惹等反應。 注射後急性腦病的發生率不詳， 但肯定是很少的， 應用百白破疫苗是否會使患兒發生慢性神經系統功能失常的總風險增加， 也在也尚未清楚。 但有一點是很明顯的， 及百日咳免疫的神經系統併發症發生率， 遠遠低於百日咳對幼兒的危害性。
溫馨提示：由於百日咳桿菌對外界抵抗力較弱， 無需消毒處理， 但應保持室內通風， 衣物在陽光下曝曬， 對痰液及口鼻分泌物則應進行消毒處理。
