紅斑狼瘡的基本病理變化是結締組織的黏液性水腫、纖維蛋白樣變性和壞死性血管炎, 疾病早期為黏液性水腫, 纖維蛋白樣變性是自身免疫球蛋白、補體和DNA等及纖維蛋白混合構成的嗜酸性無結構物質;中、小血管壁的結締組織發生纖維蛋白樣變性、壞死、血栓形成、出血等病變, 形成壞死性血管炎。 受損器官的特徵性改變是:①蘇木素小體, 是細胞核變性固縮形成的嗜酸性團塊;②“洋蔥皮樣”病變, 即小動脈周圍有顯著向心性纖維組織增生, 尤以脾臟中央動脈為明顯。 心、肺、肝、腎、神經系統等器官均可出現上述基本病理變化。
腎組織幾乎都有病變。 表現為彌漫性系膜細胞增生, 免疫螢光見系膜有免疫球蛋白和補體沉積;少數腎小球有節段性細胞增生, 常伴有纖維素樣壞死、系膜和內皮細胞彌漫性增生同時有膜增生性病變, 新月體形成, “鐵絲圈”病損和蘇木素小體, 晚期腎小管間質常有炎症、壞死和纖維化病變。