1、全身檢查
肛瘺雖然表現為局部病變，
但也與全身情況或某些疾病相聯繫，
絕不能忽視全身檢查。
活動性肺結核患者發生肛瘺，
往往為結核性肛瘺，
且術後創口癒合較慢;骶髂骨結核患者發生的肛瘺，
有可能是骨結核所引起的;非特異性潰瘍性結腸炎，
有時也因併發肛門膿腫，
破潰後形成肛瘺等。
對複雜性肛瘺更應注意全身檢查，
必要時作細菌培養和抗生素敏感試驗，
並注意血沉、血象變化。
或進行肛門括約肌功能測定。
2、望診
可見外口常在肛門周圍皮膚上或臀部形成一突起或凹陷。
周圍皮膚因膿液刺激，
3、觸診
低位肛瘺之瘺管， 在皮下可以摸到繩狀硬條， 由外口行向肛門， 用指按壓， 有膿液由外口流出。
4、直腸指檢
常在肛管後側、齒線附近可摸到中心凹陷的小硬結， 有輕微壓痛， 即是原發內口。
5、確定瘺道主體與支體的變化
在肛瘺檢查中， 不能單純從內口的數目， 或瘺管是直的還是彎曲的， 或者從病變的一個平面上瞭解病變的全貌;有時從肛門外部看， 僅一個外口， 症狀也不明顯， 但可能是瘺管很深， 內口尋求比較困難的複雜性肛瘺;有時瘺外口較多， 肛門皮膚病變較大， 但其主管很低， 屬於容易處理的簡單肛瘺。 因此對肛痿的診斷要具體細緻。
