(1)痔：常被誤為痔， 一般內痔多為無痛性出血， 色鮮不與大便相混， 而腸癌患者的便血常伴有粘液和直腸刺激症狀， 直腸指檢和乙狀結腸鏡檢可資鑒別。
(2)潰瘍性結腸炎：症狀頗似慢性菌痢， 但有反復發作史， 大便培養陰性， 乙狀結腸鏡檢可見粘膜呈細顆粒狀改變， 血管紋理消失， 伴紅斑狀充血以及橢圓形小潰瘍， 其表面常覆以黃白色滲出物， 嚴重者有大的不規則潰瘍。
(3)克羅恩病：發病年齡較輕， 既往多有其他器官結核史， 好發於回盲部。 但增生性， 由於大量結核性肉芽腫和纖維組織增生， 使腸壁變厚、變硬，
(4)局限性膿腫：好發于青年， 常見有腹痛、發熱、消瘦、、食欲減退、噁心、嘔吐、腹塊及瘺管形成等症狀和體征， 經x線鋇餐和纖維結腸鏡可以鑒別。
(5)慢性菌痢：患者可表現腹痛、、少有膿血便， 輕度裡急後重， 經大便培養， 鋇灌腸及內窺鏡檢查， 不難作出診斷。
(6)阿米巴：當病變演變成慢性期， 潰瘍基底部肉芽組織增生及周圍纖維增生， 使腸壁增厚， 腸腔狹窄， 易被誤診為癌腫， 此時須作活檢。
(7)其他：如花柳性， 直腸， 結腸憩室炎等， 可借助症狀、體征、x線檢查和纖維腸鏡檢查以資鑒別。
