克羅恩病是如何形成的?現在還在不斷的探討中。 克羅恩病病因尚未明， 可能為多種致病因素的綜合作用， 與免疫異常、感染和遺傳因素似較有關。
1.免疫
患者的體液免疫和細胞免疫均有異常。 半數以上血中可檢測到結腸抗體、迴圈免疫複合體以及補體C2,C4的升高。 利用免疫酶標法在病變組織中能發現杭原抗體複合物和補體C3。 組織培養時， 患者的淋巴細胞具有毒性， 能殺傷正常結腸上皮細胞;切除病變的腸段， 細胞毒作用亦隨之消失。 白細胞移動抑制試驗亦呈異常反應， 說明有細胞介導的遲發超敏現象;結核菌素試驗反應低下;二硝基氯苯試驗常為陰性，
2.感染
應用特異性的DNA探針以PCR方法發現2/3CD患者組織中有副結核分枝桿菌;用CD組織勻漿接種金黃地鼠， 半數出現肉芽腫性炎症， 40%為MPPCR陽性;CD組織中可找到麻疹病毒包涵體;在無菌環境下， 實驗動物不能誘發腸道炎症;另外甲硝唑對CD有一定療效。 所有這些均提示感染在CD的發病中可能有一定作用。
3.遺傳
本病發病有明顯的種族差異和家族聚集性。 就發病率而言， 白種人高於黑人， 單卵雙生高於雙卵雙生;CD患者有陽性家族史者10%一15%;研究發現本病存在某些基因缺陷。
