兒童肛瘺較少， 但出生後3個月的嬰兒， 以及未滿1周歲的幼兒， 也常會出現肛門腫痛、化膿的情況。 由於小兒肛瘺管道較為短淺， 排膿後症狀可很快減輕， 並多數可自愈， 部分患兒隨年齡增長而自愈， 因此， 一般主張不行手術治療。
治療
每日清潔肛門並坐浴， 適當使用抗生素及外用藥膏， 消炎消腫， 控制和減少膿腫的發生， 加速自愈。
對反復發作不能自愈的患兒，
要擇期至能承受手術時，
再進行手術治療，
手術年齡以5～10歲為宜，
對於低齡幼兒患該病的原因，
以及自愈的原因，
尚不明了。
根據肛門炎症、膿腫、瘺道三個不同階段採用不同的治療原則：
當肛門周圍尚未形成膿腫， 僅見皮下有炎症反應時;
可採用保守治療， 每日用溫開水坐浴2—3次， 適當吃些抗生素， 局部可用金黃如意膏外敷等消炎、消腫治療。
如膿腫已形成， 可切開排膿， 預防反復感染， 由於距肛竇較近， 可一次切至肛竇， 可避免日後成肛瘺。
多數小兒肛瘺， 可隨發育生長自己癒合， 所以一般不主張及時做根治手術， 一旦肛瘺已形成， 可等孩子稍大些， 到5—10歲時再手術， 可行瘺道切開術或掛線治療。 如在肛門兩側同時存在兩個瘺道者， 應分次行瘺道切開術， 若採用掛線方法， 可用膠線一次收緊即可。
