甲狀腺激素一方面促進肝臟膽固醇的合成, 另一方面促進膽固醇及其代謝產物從膽汁中的排泄。 因此, 甲狀腺激素影響血清膽固醇的產生和降解。 也就是說, 甲狀腺激素不足時, 雖膽固醇合成降低, 但其排出的速度更低, 放血中總膽固醇濃度增加。 因此, 甲狀腺功能減退患者脂質的合成、動用和降解均可降低, 而以後者為主, 總的結果是使血脂濃度增高, 但甘油三酯顯著增高較少見。
脂蛋白增高主要是低密度脂蛋白(LDL)水準增高。 有的研究者認為此病患者LDL受體環節缺陷, LDL與甲狀腺激素水準呈較明顯負相關,