由於子宮內膜異位症的病理生理特點， 同其他類型的病變處理一樣， 卵巢子宮內膜異位囊腫的處理也要綜合考慮病人的病情、年齡、生育情況、心理狀況等， 給以個體化的治療方案。 具體要考慮如下幾個因素：
1、囊腫大小。
囊腫直徑與內異症惡變風險、破裂、術中正常卵巢組織破壞等密切相關。 另外， 囊腫大小也是影響患者心理狀態的疾病因素中， 最重要的指標。 因此， 無論是醫生還是病人， 囊腫的直徑仍然是目前決定處理方案的最主要因素。 對於直徑大於5cm的巧克力囊腫， 應該手術治療， 對於小於3cm的，
2、年齡。
年齡越大， 巧囊惡變風險越大。 同時， 高齡患者大多已完成生育， 對卵巢功能關注程度往往較弱。 因此， 對大於45歲患者， 多考慮手術治療。
3、生育狀況。
生育狀況包括兩方面， 一是有無再生育要求， 二是有無多年不孕史。 較大巧囊影響輸卵管功能， 也可能影響排卵， 同時妊娠期間也容易破裂， 因此， 對較大巧囊， 可在計畫妊娠前先手術處理。 多年不孕者， 巧囊的惡變風險增多， 對有不孕史者也要多選擇手術治療。
4、患者心理狀況。
不同的人格特質， 不同的教育背景、社會經濟地位等， 都會影響患者對自身疾病的看法和對醫療行為要求，
5、是否復發。
對於復發的巧囊， 由於已經有明確的診斷， 且術後再次復發的可能性極大， 要慎重選擇手術治療。
